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Les collections de la cité scolaire (instruments scientifiques, sciences naturelles, cartes et plâtres d’études…) se sont constituées au fil de cinq siècles d’enseignement. Elles sont les témoins de l’activité pédagogique dans de nombreuses disciplines (physique, chimie, sciences naturelles, arts plastiques, histoire et géographie).

L’inventaire de ces collections a été réalisée par l’Amélycor. Depuis 2003, elles sont conservées dans des locaux  aménagées par la région lors de la rénovation des bâtiments.

Une étude historique de ces collections a été réalisée par Justine Malpeli et publiée dans la revue « In situ » . En lien avec l’Amélycor, qui assure la sauvegarde et la mise en valeur de ce patrimoine et grâce au travail de Justine Malpeli, la région Bretagne a réalisé un musée virtuel de ce patrimoine scolaire .

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