L’expulsion de l’Ordre et ses conséquences
Les Jésuites rennais n’échappent pas aux reproches qui accablent l’Ordre dans la deuxième moitié du XVIIIe siècle, leur influence trop importante sur les rois est dénoncée, leur enseignement est dénigré. A Rennes, le Parlement de Bretagne est à la tête d’une violente polémique qui se superpose à des soupçons de malversations financières. Elle est menée par Louis René Caradeuc de La Chalotais, Procureur Général du Roi, ancien élève du Collège, il est inspiré par les Lumières et proche des Encyclopédistes, et favorable aux Jansénistes ennemis jurés des Jésuites. Quand la dissolution de la Compagnie de Jésus est prononcée et leur expulsion mise en œuvre en 1762, La Chalotais fait partie de la délégation parlementaire et municipale qui procède à l’évacuation des lieux. Des biens du collège sont vendus, le Parlement et la ville assurent à titre provisoire la gestion des études et des bâtiments, non sans heurts. Par décision royale, l’évêque préside un bureau où les représentants de la ville et du Parlement sont à égalité, cette instance dispose des revenus des propriétés foncières du collège, que ce soient les maisons, les métairies ou encore des rentes et des dîmes accumulés en deux siècles et essaie de réformer les programmes. La ville semble avoir la prééminence, à plus forte raison après l’exil du Parlement décidé par le roi en 1771. Les cours sont dispensés dans les mêmes conditions qu’avant, parfois avec des tentatives d’innovations dans le domaine des sciences, mais les professeurs se heurtent le plus souvent à des refus d’équipements sous prétexte d’un coût trop élevé du matériel nécessaire. La priorité est toujours donnée aux textes religieux et à la philosophie.
La ville a l’ambition de transformer le collège en université, et des aménagements sont engagés, y compris sur l’autre rive de la Vilaine (le « jardin du Thabor » a été attribué au collège). Toutefois, le nombre des élèves diminue, à la veille de la Révolution, ils ne sont plus que 600, la concurrence d’autres collèges bretons (celui de Quimper par exemple) et les événements extérieurs détournent les familles des « îles » du choix rennais. Quelques exceptions comme celle de François René de Chateaubriand (élève du collège en 1781 et 1782) ne suffisent pas à rendre à l’institution son lustre d’autrefois.
Le collège dans la tourmente révolutionnaire
D’anciens élèves du collège participent dès 1788 aux journées d’émeutes et le 27 janvier 1789, les « jeunes gens » se heurtent à des membres de la noblesse, le futur général Moreau installe les « jeunes gens » dans le collège et les débats s’enchaînent au gré des événements parisiens et versaillais. La noblesse traditionnelle se prépare à contre-attaquer, sans succès parce que les hommes de terrain fraternisent et, à Versailles ou à Paris, les députés bretons du Tiers s’engagent avec vigueur dans la Révolution tandis que ceux des deux autres ordres se retirent.
L’Assemblée Nationale n’agit pas directement sur le devenir du collège, toutefois, en supprimant des séries de redevances d’Ancien Régime, elle le prive de ses revenus, et les membres du clergé toujours professeurs au collège refusent de prêter serment à la Constitution. Les programmes sont modifiés, l’objectif est de former des citoyens, et de les initier de façon plus évidente aux sciences, ce qui ne plaît pas aux familles attachées aux anciennes traditions Le collège est peu à peu déserté, en 1794, il semble être à l’abandon